Το Αγιοφάραγγο βρίσκεται νότια της Μονής Οδηγήτριας και δημιουργήθηκε από τις κοίτες δύο ρεμάτων που ξεκινούν το ένα βόρεια - βορειοανατολικά από το Γυαλομονόχωρο και το άλλο βορειοανατολικά από την Οδηγήτρια. Τα δύο ρέματα συναντούνται κοντά στην Αγία Κυριακή και αφού ακολουθήσουν μια σχετικά ομαλή διαδρομή δυτικά και νότια της εκκλησίας Αγ. Κυριακής εισέρχεται στο ποροφάραγγο απ' όπου αρχίζει το κυρίως φαράγγι, το Αγιοφάραγγο και καταλήγει στο Λιβυκό πέλαγος όπου απλώνεται μια μικρή αλλά θαυμάσια παραλία.

Το όνομά του οφείλεται στο ότι χρησιμοποιήθηκε από πολλούς ερημίτες που ασκήτευσαν εδώ λόγω της απομόνωσης που προσφέρει από τις κατοικημένες περιοχές της Κρήτης. Σύμφωνα με το θρύλο, τριακόσιοι ερημίτες ζούσαν εδώ σε συνθήκες απόλυτης απομόνωσης του ενός από τον άλλο. Συναντιόταν μόνο μια φορά το χρόνο στο “Γουμενόσπηλιο” κι εκεί αφού μετριόντουσαν έβλεπαν πόσοι είχαν πεθάνει τον προηγούμενο χρόνο.